Le principe de base de tout étage d'amplification dont le gain est réglable, qu'il s'agisse d'un simple préampli de ligne (sorties RCA de ton autoradio) ou d'un amplificateur de puissance, consiste à permettre de faire varier l'amplitude de sortie entre 0 et la tension d'alimentation de l'étage d'amplification.
Ce qui va jouer également, c'est l'intensité (liée à l'impédance de la charge connectée en aval) que peut délivrer l'étage d'amplification sans cramer (ce qui donne la puissance maxi délivrée, la puissance RMS correspondant plutôt à la puissance délivrable sans trop déformer le signal), et aussi une possible limitation de la plage de réglage du gain, pour faire office de garde-fou... ^^
Mais en ce qui concerne la saturation proprement dite (écrêtage du signal), oui, le gain joue un rôle, puisqu'il est appliqué en amont de l'étage d'amplification. En fait, il s'agit d'une atténuation du signal, le réglage maxi correspondant à pas d'atténuation du tout.
Or si en effet, ton signal d'entrée présente des niveaux élevés, un réglage trop élevé du gain du préampli de sortie de l'autoradio peut fort bien faire saturer celui-ci, et toute la chaîne de restitution avec, évidemment.
Cependant, ton raisonnement est juste, pour une question de ce qu'on pourrait appeler la résolution : si tu atténues trop ton signal à la sortie de ta source, les différents niveaux sonores vont se trouver trop proches les uns des autres et le résultat final paraîtra certainement plus "flou", en quelque sorte. Par ailleurs, amplifier fortement un signal faible va propoquer parallèlement l'amplification de toutes sortes de signaux parasites indésirables en provenance du véhicule.
Pour tenter de résoudre ce problème, les fabricants d'autoradio proposent des tensions de sortie de plus en plus élevées, espérant du même coup submerger le niveau des parasites (qui est d'ailleurs indépendant du gain de sortie de l'autoradio : leur niveau est fixe).
A noter que certains s'en sortent sans parasites bien qu'amplifiant fortement au niveau de l'ampli, mais je n'ai jamais eu cette chance... Ou ce matériel de Jedi ! 
Le juste milieu se trouve certainement entre 40 % et 80 % du réglage de volume de l'autoradio. Le réglage de gain de l'ampli sert à adapter sa sensibilité d'entrée à l'amplitude de sortie de l'autotradio. Il s'agit là aussi d'un atténuateur destiné à empêcher l'écrêtage.
En conclusion, le meilleur résultat est atteint lorsqu'ayant poussé l'autoradio au maximum de volume écoutable, tu règles la sensibilité de ton ampli de manière à obtenir là aussi un son propre (le plus dur consistant à trouver un endroit désert et dépourvu de voisins irrascibles ^^).
